La presencia de desechos en el agua obtenida del río Bogotá genera una problematica sería para las plantas de generación de energía debido a que estos residuos crean obstrucciones en las tuberías de alimentación de la planta, acortando el tiempo de vida de los equipos utilizados. Usualmente, la separación de estos componentes se realiza en etapas previas de separación en donde las personas juegan un rol importante. Sin embargo, la biomasa obtenida se desecha y el agua que entra a la planta no ingresa totalmente pura.